Проблема: Как запустить приложение с расширением msi.
Решение: для этого запустим командную строку от имени администратора:
runas /user:домен\администратор cmd
далее вводите пароль и запускаете приложение:
msiexec /i c:\prilozhenie.msi, путь соответственно вводите свой.